Fatsa İmam Hatip Lisesi 16 Kasım 1975 tarihinde Fatsa Lisesi Müdürü olan Abdullah Barın'ın kurucu müdürlüğünde eğitim   öğretime başladı. Fatsa İmam Hatip Lisesi, 1739 sayılı Mili Eğitim Temel Kanunu'na uygun, imamlık, hatiplik ve Kur'an kursu öğreticiliği gibi dini hizmetlerin yerine getirilmesi ile görevli elemanları yetiştirmek üzere Mili Eğitim Bakanlığı'nca orta öğretim sistemi içinde hem mesleğe hem de yüksek öğrenime öğrenci hazırlayan programları uygulama amacıyla açılmıştır. 1975'te Fatsa Kur'an Kursu'nu desteklemek için kurulmuş Hayırseverler Derneği'nin öncülüğünde hayırsever işadamlarının destekleriyle okulumuz Fatsa Kur'an Kursu binasında resmen açıldı. Orta Büyük Cami karşısındaki bu ahşap binada Kur'an Kursu öğrencileri de eğitime devam ediyordu. Sınıflar yetersiz olduğundan Orta Büyük Cami'nin alt katları da sınıf olarak kullanılmaktaydı.
        Fatsa İmam Hatip Lisesi 16 Kasım 1975 de erkek öğrencilerden oluşan beş sınıf açılmış olup bu tarih eğitim öğretim yılı ortası olmasına rağmen 200 öğrenci kayıt yaptırmıştır. İlk yıl kurucu müdürle birlikte bir müdür yardımcısı dokuz öğretmen bir memur ve bir hizmetli bulunmaktaydı. 1976 yılında Mehmet Özdemir okulumuza müdür olarak atandı ve görevine 1979 yılına kadar devam etti. Bu süreçte okulumuzun öğretmen ve öğrenci sayısı hızla arttı. Kur'an Kursu binası ve cami altındaki sınıflar yetersiz gelmekteydi. 1977-1978 eğitim öğretim yılında Fatsa Lisesi sahilde yapılan yeni binasına taşınınca boşalan eski binaya Fatsa İmam Hatip Lisesi taşındı. Mustafa Kemal Paşa Mahallesi eski Orman Dairesi karşısındaki bu iki katlı bina da zamanla okulumuza küçük gelmeye başladı. Bülbül Deresi kenarına 1980 yılında dört katlı ek bir bina daha yapıldı.
1977–1978 eğitim öğretim yılında Fatsa İmam Hatip Lisesi'ne kız öğrenciler kaydedildi. Fatsa Lisesi'nin eski binası zaten erkek öğrenciler için yetersizdi. Kız öğrencilerimiz Fatsa Merkez Kur'an Kursu binasının bir bölümünde eğitime başladılar. 1975 yılında ilk binamız olan Kur'an Kursu binası uzun yıllar kız öğrencilerimize hizmet verdi. 1990 yılına kadar kız öğrencilerimiz bu ahşap binada eğitim öğretime devam ettiler.
      1990-1991 öğretim yılında okulumuzun Anadolu İmam Hatip Lisesi bölümü açıldı. Bu dönemde Kurtuluş Mahallesi'ndeki yeni binamız da hizmete girdi. Eski bina zaten öğrencilerimiz için yetersizdi. Buradaki öğrenciler 1990 yılında bu yeni okulda eğitimlerini sürdürürken, Kur'an Kursu binasındaki kız öğrencilerimiz de eski binaya taşındılar. 1997 yılında da Fatsa Lisesi'nin eski binasından tamamen ayrılan okulumuz bu tarihten beri eğitim ve öğretime Kurtuluş Mahallesi'ndeki binasında devam etmektedir. 1981 – 1982 yılında okulumuz ilk mezunlarını vermiştir. 1980–1983 yılları arasında müdürümüz Ordu eski milletvekili Hamit Taşçı' dır.
İlk kız öğrencilerimiz 1983-1984 eğitim öğretim yılında mezun olmuşlardır. Eyüp Vural 1983-1984 yılında okulumuz üçüncü müdürüdür. 1984-1986 yılları arasında Ahmet Sağlam okul müdürlüğünü yürütmüştür.
      1975 Yılında açılan ve ilk mezunlarını 1982 yılında veren Fatsa İmam Hatip Lisesi kuruluşundan buyana orta kısmından 3030 Lise bölümünden 4433 mezun vermiştir.1990 yılında Türkiye de ikinci olarak açılan Anadolu İmam Hatip Lise de 1998 senesinde ilk mezunu vermiş olup 2008 kadar 365 mezun vermiştir. Okulumuz kurulduğu günden beri yüzlerce öğrenciyi yüksek öğrenime göndermiştir.
     Cemil DURAN 1986–1993 yılları arasında okulumuzun 5. müdürü olarak görev yapmıştır.1993–1998 yılları arasında okul müdürü Ömer ÖZTÜRK tür.1998-2000yıllar arsında Okul müdürlüğüne Mehmet ÖZGEN vekâlet etmiştir. 2000-2010 yılları arasında Haluk BAYCAN okulumuzun müdürü olarak görev almıştır. 2011 ile 2012 arasında  ise Yüksel ACAR görev yapmıştır. 2012-2020 yılları arasında Okulumuz Müdürlüğünü Salim ŞAHİN yapmıştır. 2020 Haziran ayında Okulumuza Müdür olarak atanan Hakkı ÖZTÜRK 23 Haziran 2020 Salı günü görevine başlamıştır.

     Okulumuzda 1 Müdür, 3 Müdür Yardımcısı ve 33 öğretmen görev yapmaktadır. Ayrıca okulumuzda 1 Hemşire, 2 Sürekli İşçi ve 6 Geçici İşçi görev yapmakta olup, İŞKUR tarafından her Eğitim Öğretim Yılı boyunca 1 Güvenlik Görevlisi, 1 veya 2 Hizmetli Personel görevlendirilmektedir. Okulumuzun öğrencilerine hizmet veren 250 kişilik pansiyonu bulunmaktadır. 2015-2016 öğretim yılı itibarıyla okulumuzda sadece erkek öğrenciler öğrenim görmektedir. Okulumuz 2020-2021 öğretim yılına 402 öğrenci ile eğitim öğretime başlamıştır. Fatsa Anadolu İmam Hatip Lisesi 45 yıllık mazisiyle Fatsa'nın ve bölgenin eğitim ve öğretim alanında gurur kaynağı olmuştur.